Maturò questa scelta nel settembre 1956, durante la XXIX Settimana Sociale dei Cattolici d’Italia  che si tenne a Bergamo, ove partecipò come il più giovane convegnista. Durante quella settimana incontrò mons. Antonio Sartorato, un sacerdote di Padova che lo aveva profondamente colpito per l’accoglienza e per la disponibilità dimostrategli. Questi suscitò in lui ammirazione e attrazione per il ministero sacerdotale e, dopo la morte improvvisa di don Antonio avvenuta nel 1959, decise di intraprendere gli studi ecclesiastici per avviarsi al sacerdozio.

Il periodo del seminario coincise con la contestazione degli anni ’60 in ambito politico-sociale-culturale-ecclesiale. Quelli furono anche gli anni del Concilio Vaticano II che, con il suo programma di aggiornamento, così come voluto da Giovanni XXIII, da una parte espresse la rinnovata adesione a tutto l’insegnamento della Chiesa, dall’altra avvertì la necessità di un balzo in avanti verso una penetrazione dottrinale e una maggiore formazione delle coscienze. Era necessario un approfondimento e una presentazione dei temi centrali del cristianesimo per rispondere alle esigenze del tempo e ciò si espresse con un’apertura al mondo, attraverso un dialogo con le culture e la realtà contemporanea.


In questo contesto ricco di fermenti culturali, Emilio partecipò alle problematiche del momento, con un’attenzione particolare agli avvenimenti storici e, nel suo ambito, insieme ad altri suoi amici, sviluppò un discorso di apertura e di impegno nella realtà sociale. Nello stesso tempo avvertì l’inadeguatezza di una riflessione intellettuale staccata dalla realtà e non riscontrabile nella coerenza vissuta alle posizioni prese.

Nella sua formazione e nel suo background culturale caratterizzati oltre che dallo studio delle fonti classiche della tradizione cattolica anche dall’attenzione e dall’interesse per la cultura laica, un influsso particolare hanno avuto autori come Charles Peguy, Emmanuel Mounier, Georges Bernanos e la lettura di don Primo Mazzolari e delle sue tematiche.

Furono incisivi, negli anni del seminario, gli incontri con don Zeno di Nomadelfia, Giorgio La Pira e don Lorenzo Milani, come fondamentali furono anche gli incontri con P. Benedetto Calati e in seguito con don Giuseppe Dossetti e don Divo Barsotti che lo richiamarono a riflettere sul primato della Parola di Dio, sul limite dell’impegno socio-politico e sulla centralità della Croce come evento salvifico.

Ottenuto il Baccellierato in Filosofia e la Licenza in Teologia presso la Pontificia Università Gregoriana, fu ordinato sacerdote il 31 ottobre 1966.  Nell’omelia della Prima Messa indicava delle opzioni fondamentali che lo hanno accompagnato nella sua vita.